董卓选拔大量名士,如:韩馥、刘岱、孔伷、张咨、孔融、应劭、张邈等人担任地方太守等要职,甚至不计前嫌,对厌恶自己而弃官而走的袁绍、王匡、鲍信等人授以太守,以示和解。
十月三日,董卓趁着何太后遗体下葬的时候,开启汉灵帝陵墓时,使人偷取其中珍宝。
董卓仗着军权的威势,放纵士兵在雒阳城内劫掠富户,搜刮财物,强暴妇女。
十一月一日,董卓自拜相国,有“入朝不趋,剑履上殿”的特权,自此董卓在朝廷中的权势已经如日中天。
董卓性格残忍,好用刑法立威。
侍御史扰龙宗拜见董卓时忘了解除佩剑,董卓借题发挥,下令将其活活打死。
他又指使人将何太后的母亲舞阳君杀害,甚至将何苗的遗体从坟墓中挖出来肢解扔在园林之中。
大司农周忠的儿子周晖听说雒阳变故,故至雒阳,董卓非常厌恶他,派兵将其劫杀。
张扬、曹操、卫兹等人都在地方招兵买马,试图对抗董卓执政,东郡太守桥瑁甚至伪造三公文书散发到各地州郡政府,陈述董卓罪恶,呼吁各地起兵反董,恢复刘辩的帝位。
初平元年(190年)正月十二日,董卓使弘农王郎中令李儒毒杀刘辩,以断绝桥瑁等反董联军的政治企图。
广陵郡功曹臧洪说服太守张超,联合其兄陈留太守张邈一同举兵,兖州刺史刘岱亦加入,在酸枣举兵,自此关东反董之势如野火燎原。
初平元年(190年),关东各州郡政府官员推举袁绍为盟主,领车骑将军,讨伐董卓。
反董势力分为三处:酸枣联军为兖州、豫州两路人马;河内联军为冀州人马;鲁阳联军为荆州人马。
二月,董卓提出迁都长安的计划,太尉黄琬、司徒杨彪因为反对而被免职。
他同时又借此杀害周毖、伍琼以泄愤,但他不久又后悔了。
董卓担心据守长安的京兆尹盖勋和左将军皇甫嵩响应反董联军,故将二人征入雒阳。
皇甫嵩到任后,董卓因为旧怨,便指使他人陷害其入狱,欲置其于死地。
皇甫嵩之子皇甫坚寿与董卓关系不错,于是亲自求见董卓,替父求情,董卓这才答应释放皇甫嵩。
二月十七日,东汉朝廷迁往长安,三月五日,刘协入长安未央宫。
董卓则留守雒阳毕圭苑中,对抗关东联军。
由于是强迫迁都,董卓动用军队驱赶雒阳居民,导致大批百姓丧命,兰台的藏书也在途中损失大半。
他则在雒阳放火焚烧宫殿、官府、民宅,趁机搜刮财物,又指使吕布挖掘帝王、公卿大臣的陵墓获取珍宝。
三月十八日,长安朝廷将太傅袁隗、太仆袁基灭族。
四月,遥拜大司马兼幽州牧刘虞为太傅,然而道路断绝,诏书不至。
六月,长安朝廷派出韩融为首的使者团,分为两路,试图劝袁绍、袁术罢兵,二袁不听。
酸枣联军在曹操、鲍信等人带领下,试图占领成皋县,董卓派徐荣率军迎战,在荥阳汴水旁大败联军。
十一月,董卓率军渡过孟津,击败河内太守王匡军。
此时,孙坚领荆州、豫州军北上雒阳,在梁县东,被徐荣击败。
初平二年(191年),孙坚再次率军北上,董卓派胡轸、吕布迎战,在阳人聚被孙坚击败。
二月十二日,董卓指使长安朝廷派光禄勋宣璠持节至雒阳封自己为太师,地位高于各刘姓诸侯王。
董卓派李傕前来劝降孙坚,被孙坚严词拒绝。
随后,他让女婿牛辅派遣至中牟与朱儁交战,击破朱儁后,又派军队袭击颍川郡阳城县,屠杀正在举办“二月社”的百姓,对外宣称是剿灭叛贼得胜归来,把劫掠来的女人分给士兵,甚至董卓还强暴公主、宫女等后宫女子。
孙坚率军抵达大谷关,距离雒阳九十里地,董卓亲自率军与其交战,败走长安,孙坚得以入雒阳。
董卓留下牛辅、李傕、郭汜、张济、董越等人布防在三辅各地,阻挡孙坚继续西进。
初平二年(191年)四月,董卓入长安。
入城时,他故意命令御史中丞皇甫嵩跪拜迎接,以达到羞辱的目的。
董卓乘坐青盖金华车,爪画两轓,时人号曰“竿摩车”。
又封其弟董旻为左将军,侄子董璜为侍中、中军校尉,宗族内外都入朝为官。